Das in Selçuk erhaltene Teilstück eines Aquäduktes ist Teil eines von mehreren Aquädukten, die die nahe Stadt Ephesos mit Wasser versorgten.

Selçuk ist die Nachfolgesiedlung des antiken Ephesos.
Eine Eroberung durch die Araber 798 war nur von kurzer Dauer, ebenso die erste Besetzung durch die Seldschuken unter Alp Arslan nach der Schlacht von Manzikert 1071. Diese dauerte nur bis zum Sieg der Kreuzfahrer bei Doryläum 1097 an. Nach dem Untergang der Rum-Seldschuken übernahmen die Türken die Herrschaft über die Region und Ayasoluk kam zum Beylik der Aydınoğulları. Zu dieser Zeit besuchte 1333 der Forschungsreisende Ibn Battuta die Stadt. Er berichtet über eine prosperierende Handelsstadt mit blühenden Gärten und Weinbergen.
Der Herrscher Khizir Beg hatte Kontakt zu den italienischen Republiken, es gab ein genuesisches und ein venezianisches Konsulat in der Stadt. 1391 kam der Ort unter Bayezid II. zum ersten Mal unter osmanische Herrschaft, bis er nach dessen Niederlage durch Timur wieder den Aydınoğulları zufiel. Unter Murad II. wurde er 1425 endgültig Teil des Osmanischen Reiches und war von da an Hauptort eines kaza (Gerichtsbezirk) des Sandschaks von Aydın. Als in späterer Zeit durch die Sedimente des Kaistros (Küçük Menderes) der Hafen immer mehr verlandete, verlor der Ort an Bedeutung zu Gunsten des Hafens von Kuşadası.