Anhand der wenigen Überreste kann man es sich heute nicht mehr vorstellen, aber die Stadt Kolophon galt in archaischer Zeit als eine der reichsten Städte Ioniens, büßte aber ihren Wohlstand in klassischer Zeit weitgehend ein.

Als eine der Mutterstädte der Ionier war Kolophon Teil des Ionischen Bundes. Die Nadelbäume um Kolophon lieferten das Harz Kolophonium, mit dem heute unter anderem die Rosshaarbespannung von Streichbögen eingerieben wird.

Die Stadt wurde der Sage nach von zwei Söhnen des Kodros, eines mythischen Königs von Athen, gegründet. Ihre berühmtesten Söhne sind der Philosoph Xenophanes, der Dichter Mimnermos und der Maler Apelles. Kolophon war auch eine der ionischen Städte, die darum konkurrierten, Geburtsort Homers gewesen zu sein.

Nach 479 v. Chr. wurde die Stadt Mitglied im attischen Seebund; 430 v. Chr. wurde sie nach Parteikämpfen persisch und trat 409 wieder auf die Seite Athens. Im Jahr 404 v. Chr. fiel Kolophon erneut unter persische Oberhoheit, um dann im 4. Jahrhundert v. Chr. das allgemeine Schicksal Ioniens zu teilen.
Lysimachos, einer der Diadochen Alexanders des Großen, zwang um 300 v. Chr. die Bevölkerung, nach Ephesos umzusiedeln, das unter seinem Befehl an neuem Ort errichtet wurde.
Damit verlor die Stadt Kolophon ihre Bedeutung, auch wenn sie nach Lysimachos’ Tod 281 v. Chr. wieder aufgebaut wurde. Kolophon vereinigte sich mit der Hafenstadt Notion, verlor jedoch in hellenistischer Zeit jede Bedeutung.

Kolophon lag beim heutigen Dorf Degirmendere zwischen Izmir, dem antiken Smyrna (im Norden) und Ephesos (im Süden), 13 km nördlich der Hafenstadt Notion.

Lageplan der antiken Stadt Kolophon nach Ausgrabungen 1922 - 1925

In der Nähe wurde ein vermutlich mykenisches Kuppelgrab aus dem 13. oder 12. Jahrhundert v. Chr. entdeckt, in dem sich offenbar auch submykenische Keramik fand. In einem weiteren Grab kamen ein mykenisches Messer und eine Glasperle ägäischen Stils zum Vorschein.