Entsprechende Vertiefungen im Unterbau des Tempels lassen daraus schließen, dass der um 400 v. Chr. errichtete hölzerne Vorgängerbau im neu errichteten Tempelbau integriert wurde. Die Cella selbst ist weitgehend zerstört. Bei den Ausgrabungsarbeiten konnte ein hellenistisches Bodenmosaik von hoher Qualität freigelegt werden. Aus den Motiven lässt sich schließen, dass der Tempel dem Apollon geweiht war. Es zeigt in drei Feldern Attribute des Gottes: Eine Rosette, eine Lyra und einen Bogen mit Köcher. Bei dem heute am Tempelboden sichtbaren Mosaik handelt es sich um eine Kopie. Das Original befindet sich im archäologischen Museum in Fethiye.

Apollon (deutsch auch Apoll) ist in der griechischen und römischen Mythologie der Gott des Lichts, der Heilung, des Frühlings, der sittlichen Reinheit und Mäßigung sowie der Weissagung und der Künste, insbesondere der Musik, der Dichtkunst und des Gesangs; außerdem war er Gott der Heilkunst und Gott der Bogenschützen. Als in Didyma gezeugter Sohn des Göttervaters Zeus und der Göttin Leto (lateinisch Latona) gehörte er wie seine erstgeborene Zwillingsschwester Artemis (lateinisch Diana) zu den Olympischen Göttern, den zwölf Hauptgöttern des griechischen Pantheons. Das Heiligtum in Delphi, die bedeutendste Orakelstätte der Antike, war ihm geweiht.